Los principios y características del Sistema Fontán son:

Tiempo variable y rendimiento constante	El estudiante llega a la excelencia siempre. El tiempo que se emplee en lograrlo es cosa secundaria.
Excelencia para todos	La excelencia es para todos, no sólo para una élite. Todos pueden alcanzar la excelencia: es sólo cuestión de tiempo. La mediocridad no es admisible.
Individualización completa	Cada estudiante recibe la atención educativa que necesita. Avanza siempre a su propio paso, no al de otros.
Transmisión escrita	Nuestra civilización es una cultura escrita. Nuestros estudiantes no aprenden nunca "en clase", oyendo hablar a un profesor. Aprenden siempre leyendo.
Experiencia de placer intelectual	La educación debe basarse en la experiencia del placer intelectual, no en el concepto de esfuerzo, deber o sacrificio.
Énfasis en procesos	El estudiante perfecciona sus procesos mentales (cognoscitivos o motivacionales).
Inducción	El estudiante "re-inventa" el conocimiento partiendo de su experiencia, por un proceso de inducción.
Principio de autonomía	El estudiante llega a un estado de autonomía, a no necesitar al maestro, a trabajar y aprender por su cuenta, a ser intelectualmente adulto.
Principio de responsabilidad	El estudiante toma decisiones continuamente, adquiere compromisos, analiza su desempeño, se autoevalúa y planifica.